مسجد الرفاعى 1329 هجرية الموافق 1911م. يقع هذا المسجد فى مواجهة مسجد السلطان حسن على يسار الطالع إلى القلعة، فى مكان كانت تشغل جزءا منه زاوية الرفاعى، وفى سنة 1286 هجرية الموافق 1869م أمرت المغفور لها الأميرة خوشيار والدة الخديوى إسماعيل بهدم هذه الزاوية والأبنية المجاورة لها بعد أن اشترتها لإقامة مسجد كبير مكانها يلحق به مدفن لها ولسلالتها وضريحان للشيخ على أبى شباك الرفاعى والشيخ عبد الله الأنصارى ممن كانوا مدفونين بالزاوية المذكورة.
فقام حسين باشا فهمى المعمار وكيل ديوان الأوقاف فى ذلك الوقت بوضع تصميم المسجد، وأشرف على التنفيذ خليل أغا، واستمر العمل حتى ارتفع البناء نحو مترين عن سطح الأرض ثم أوقفت عندما رؤى إدخال بعض تعديلات على التصميم.
وفى سنة 1885م توفيت الأميرة خوشيار ودفنت فى ضريحها الواقع بالجزء البحرى للمسجد، وعندما توفى الخديوى إسماعيل دفن مع والدته.
وفى سنة 1905 عهد المغفور له الخديو عباس الثانى إلى هرتس باشا باشمهندس لجنة حفظ الآثار العربية وقتئذ بتكملة المسجد فاتبع تصميم حسين باشا المعمار على قدر المستطاع وأبقى على فكرته الأصلية وهى إنشاء بناء ضخم يتناسب مع ضخامة مسجد السلطان حسن، أما أعمال الزخرفة فقام بتصميمها هرتس باشا واستمر العمل فيه إلى أن تم فى آخر سنة 1911م